Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng: là cao nhất (tương đương cấp Quân chủng)
Bộ Chỉ huy Biên phòng các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương: (tương đương cấp Sư đoàn) gồm 39 tỉnh thành có biên giới, bờ biển. Bộ Chỉ huy có các phòng chức năng như: chính trị, tham mưu, trinh sát, phòng chống ma túy và tội phạm,hậu cần; các đơn vị trực thuộc như: tiểu đoàn huấn luyện, đại đội cơ động, bệnh xá biên phòng tỉnh. Các tỉnh có bờ biển thông thường có thêm 1 hải đội mang phiên hiệu hải đội 2. Quân số bộ chỉ huy Biên phòng các tỉnh dao động từ 300-1.500 người, ít nhất là các tỉnh Ninh Bình, Thái Bình, Bến Tre (chỉ có biên giới biển). Nhiều nhất là Nghệ An, Quảng Bình (cả biên giới bộ và biển). Chỉ huy trưởng, Phó Chỉ huy trưởng, Thủ trưởng các cơ quan tham mưu, trinh sát, chính trị, phòng chống ma túy và tội phạm thuộc Bộ chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh mang quân hàm Đại tá.
Đồn Biên phòng. Cả nước có khoảng 400 đồn, là đơn vị cơ sở, gồm: Ban Chỉ huy đồn, các bộ phận trực thuộc như đội vũ trang, đội vận động quần chúng, đội trinh sát, đội phòng chống ma túy và tội phạm, đội kiểm soát hành chính, đội tham mưu hành chính, Đối với các đồn có cửa khẩu, đường tiểu ngạch qua biên giới thì có thêm trạm kiểm soát biên phòng cửa khẩu (đội thủ tục,đội kiểm tra giám sát).
Hải đoàn Biên phòng là đơn vị chiến đấu cấp chiến thuật, cơ động chiến đấu trên vùng biển, trực thuộc Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng. Hải đoàn có từ 2-3 hải đội, các bộ phậm tham mưu, chính trị, hậu cần, kỹ thuật.
Hải đội Biên phòng là đơn vị chiến đấu cấp cơ sở trên vùng biển, trực thuộc Bộ chỉ huy Biên phòng tỉnh hoặc nằm trong biên chế hải đoàn biên phòng.
